Výuka a bádání v oblasti tzv. novověké filosofie na ÚFaR zahrnuje především období ohraničené z jedné strany převratným Descartovým vystoupením v první polovině 17. století a z druhé strany vrcholnými představiteli tzv. německé klasické filosofie (Fichte, Schelling a Hegel), působícími zhruba do poloviny 19. století. V myšlenkovém milieu 17. století až první poloviny 18. století (v němž lze zhruba odlišit tzv. racionalistické a tzv. empiristické proudy) se – v přímé opozici zejména vůči scholastickým podobám filosofování – ustavil diskurs, který dodnes v hlavních rysech vymezuje rámec mnoha vůdčích filosofických problémů i způsob jejich traktování a z něhož vyrůstá (nebo vůči němuž se přímo vymezuje) většina současných hlavních filosofických směrů; syntetické Kantovo dílo pak na jedné straně představuje jak završení, tak určitou alternativu vůči empiristickým a racionalistickým přístupům, a na straně druhé otevírá nové perspektivy, které jsou mnohostranně rozvíjeny v německé klasické filosofii.
Cílem výuky novověké filosofie na ÚFaR je historicky přiměřené uvedení do zásadních myšlenek příslušných autorů, které však má zároveň ozřejmovat jejich systematickou hloubku a aktuálnost. K otázkám, s nimiž se student(ka) v kursech setká, tak patří mj. vztah mezi mentálním a materiálním, dále povaha, zdroje a status lidského poznání, povaha a poznatelnost vnějšího světa v závislosti na aktivitě a pasivitě poznávajícího subjektu, atd.
Výuku zabezpečují učitelé, kteří se kromě historické specializace na novověk věnují i tématům současné filosofie: James Hill se kromě specializace na novověký empirismus zaměřuje i na otázky současné filosofie mysli, Jindřich Karásek, odborník na německou klasickou filosofii, se zabývá některými tématy současné kontinentální filosofie a Jan Palkoska, specializovaný na novověký racionalismus, se věnuje některým tématům v soudobé epistemologii a tzv. analytické metafyzice.
Základní představu o novověkém myšlení, jak je studováno a vyučováno na ÚFaR, lze získat např. z následujících textů:
Descartes, R., Meditace o první filosofii, Praha 2003
Leibniz, G.W.L., Monadologie a jiné práce, Praha 1982
Locke, J., Esej o lidském chápání, Praha 2012
Berkeley, G., Esej o nové teorii vidění. Pojednání o principech lidského poznání, Praha 2004
Hume, D., Zkoumání o lidském rozumu, Praha 1996
Kant, I., Kritika čistého rozumu, Praha 2001
Hegel, G.W.F., Fenomenologie ducha, Praha 1960